杂交作物的种子。水稻、棉花、大白菜、洋葱、番茄、茄子、辣椒、胡萝卜、黄瓜和西瓜等一代杂交种具有双亲的综合优势，适应性宜留作种用，因为杂交种从第2代开始，便产生性状分离现象，生长不一致，杂交优势减退，产量降低，因此生产上杂交种子只能用一年，不能继续留种。

在水泥场上晒过的种子。在水泥地上晒种，特别是含水量高的棉种或稻种，由于地面温度高，种子呼吸作用旺盛，体现人生理机能受到破坏，部分种子会变成“哑种子”(即种胚受热致死)，完全失去发芽能力。

喷过乙烯利的作物的种子。乙烯利是一植物生长调节剂，容易被植物吸收，进入到植物的茎、叶、花、果细胞中。进入植物细胞后，经分解，逐渐释放也乙烯，对植物具有生长、发育和代谢生产调节作用，使作物增产、增收。但是用喷过乙烯利的作物种子做种，例如：乙烯利催熟处理过的辣椒、番茄、西瓜和甜瓜等种子，则是有害无益的。这是因为用乙烯利催熟缩短了农作物的自然成熟期，造成种胚发育不全，会严重影响种子发芽率。

与农药化肥一同存放的种子。有的农户习惯将种子与农药化肥存放在一起，由于农药与化肥均会散发有毒有害气体，破坏种子正常的生理机能，会大大减弱种子的发芽能力，影响出苗率。